Не сразу поняла, что имеется в виду под «космическим Маугли». Русское оригинальное название этой повести — «Малыш».
Там не объясняется, как именно они выжили. Даже вовсе не говорится, что выжили — однако в произведениях, описывающих последующие события, фигурирует живой Горбовский. Как люди могли спастись, остаётся только предполагать. Может быть, Волна остановилась или вовсе исчезла. Может, население планеты было эвакуировано на подоспевшем звездолёте (он не успевал, однако для советской фантастики довольно характерны подвиги за гранью возможного). Может, Горбовский не совсем обычный человек (а, например, сродни «человеку-машине» Камиллу, который вроде как выжил), но тщательно это скрывал или сам какое-то время не знал об этом.
Малыш — это уже не обычный человеческий ребёнок, он воспитан другой цивилизацией, разительно отличающейся от человеческой. Возможно, забрать его — как отобрать ребёнка у приёмной семьи; это стресс и для ребёнка, и для родителей (если у тамошней цивилизации присутствуют категории человеческих эмоций). Условия и образ жизни на человечьих планетах сильно отличаются от таковых на Ковчеге.
(Вы имейте в виду, что у меня мало способностей к пониманию литературных произведений. Причём упомянутые повести я читала очень давно. Предполагала, что кто-нибудь более компетентный сможет вам ответить.)